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The following diagram illustrates how the pipeline updates a SpatialData Zarr file, from raw images and points to new segmentation outputs:

Raw Zarr file
┌───────────────────────────────┐
│ images/                       │
│  └─ fov_image                 │
│ points/                       │
│  └─ fov_points                │
│ labels/                       │
│  └─ old_labels                │
│ shapes/                       │
│  └─ old_shapes                │
│ tables/                       │
│  └─ old_vdata                 │
└───────────────────────────────┘
        │
        ▼
Preprocessing (contrast, resize)
        │
        ▼
Segmentation (Cellpose-SAM)
        │
        ├─ masks
        ├─ flows
        └─ styles
        │
        ▼
Post-segmentation (filter, upscale)
        │
        ├─ polygons → ShapesModel
        └─ labels → Labels2DModel
        │
        ▼
Transcript Assignment
        │
        └─ vdata (gene × cell matrix)
        │
        ▼
New Zarr file (overwrites old segmentation)
┌───────────────────────────────┐
│ images/                       │
│  └─ fov_image                 │
│ labels/                       │
│  └─ fov_labels                │
│ shapes/                       │
│  └─ fov_shapes                │
│ points/                       │
│  └─ fov_points                │
│ tables/                       │
│  └─ vdata                     │
└───────────────────────────────┘